Сформирован в ноябре 1942 года в городе Серпухове как 4866 военный (эвакуационный) госпиталь II Ф. Позднее был передислоцирован в г. Кенигсберг. С 1945 по 1992 годы функционировал как гарнизонный госпиталь Прибалтийского военного округа. 10 мая 1955 года госпиталь переименован в 1409 военный госпиталь. В 1992 году госпиталь переведен в состав 11 гв. ОА ПрибВО, а в 1997 году – в состав Балтийского флота. С 1 мая 1998 года госпиталь осуществляет медицинское обеспечение прикрепленных контингентов в качестве Главного госпиталя Балтийского флота. С 01 августа 2007 года госпиталь переименован в ФГУ «1409 ВМКГ БФ». В настоящее время госпиталь – многофункциональное лечебное учреждение БФ, которое в полной мере обеспечивает прикрепленные контингенты квалифицированной и специализированной медицинской помощью.