На основании постановления Совета Министров - Правительства Российской Федерации от 17 декабря 1993 года № 1299 «Об организации управления морскими портами» и в соответствии с Приказом Министра транспорта Российской Федерации от 3 февраля 1994 года № 7 «Об учреждении морских администраций портов». Государственное учреждение «Морская администрация порта Санкт-Петербург» (далее Администрация), выполняющее управленческие функции некоммерческого характера, была создана на базе не подлежащего приватизации имущества Ленинградского морского торгового порта в соответствии с Приказом Департамента морского транспорта Министерства транспорта Российской Федерации от 31 мая 1994 года № 40 «О создании Морской администрации порта Санкт-Петербург». В соответствии с Приказом Министерства транспорта РФ от 04.12.2013 г. №373 "Об утверждении перечней морских портов, входящих в соответствующие Администрации морских портов" и приказа ФГБУ "Администрации морских портов Балтийского моря" № 172 от 28.08.2014 г. создан филиал ФГБУ "АМП Балтийского моря" в морском порту Калининград с 01-го сентября 2014 г. Порт Калининград, единственный незамерзающий порт России на Балтике, расположен в юго-восточной части Балтийского моря. Он имеет выгодное положение. Расстояние до столиц близлежащих государств - Вильнюса, Риги, Минска, Варшавы, Берлина, Копенгагена и Стокгольма составляет от 400 до 650 километров, а до крупнейших иностранных портов на Балтике - от 400 до 700 километров. Порт Калининград связан контейнерными линиями с портами Голландии, Англии, Германии, Польши, Литвы, Финляндии и Швеции. Порт имеет железнодорожные и автомобильные паромные линии с портами Засниц, Усть-Луга, Санкт-Петербург. В порт регулярно заходят круизные пассажирские суда, а также пассажирские суда, перевозящие туристов из портов Польши.

Грузовой транспорт и грузы для попутных грузоперевозок по России, странам Европы, СНГ и Азии. Широкий выбор транспорта различной грузоподъемности а также его типов: автомобильный, железнодорожный, морской (речной) и авиатранспорт.